开放式创新过程中的风险是由于不确定性引起的，主要包括。①能力不确定性。创新参与者的能力状况如何？企业是否具备广泛搜集创新资源的能力？是否具备将创新资源转化为现实产品的能力？是否具备将产品销售出去的能力？②技术不确定性。技术的领先程度如何？技术的复杂性如何？技术更新换代的速度如何？互补性技术与替代性技术发展情况如何？③项目不确定性。哪些是有价值的项目？哪些是无价值的项目？对项目的价值如何科学评价？④市场不确定性。创新产品的客户是谁？哪些客户最重要？市场容量有多大？上述不确定性的单一出现或同时出现，都会导致创新活动达不到预期目标，即创新过程中可能出现大量的风险。这些风险主要表现在以下几个方面。
一是开放式创新消除了地理上、产业上、技术上和企业本身的边界，从而增加了企业创新外部环境的复杂性，带来了更多相互牵连的市场风险、政策风险、技术风险和财务风险等，导致企业对创新过程难以管理和控制。特别是在与不同企业的创新合作中，由于不同企业本身所带有的风险不一样，而且合作链条任何一个节点上的企业的风险都可能波及到其他企业。于是，合作的企业越多，创新的不确定性就越大，企业发生风险的概率也就越大。
二是在企业开放式创新模式下，频繁的新创意“流出”和“流入”将导致对这些创意的监控和管理的难度增加，从而增加创新成功的不确定性。
三是高素质人才的频繁流动导致企业进行开放式创新面临严峻的“创意流失”问题。例如，风险投资机构对企业内部从事研发并掌握研发成果的人才具有极大的诱惑性，促使其离职、创建新企业并与老企业形成竞争局面，而人才的流动性又是在自由市场环境下很难控制的问题。
四是由于项目研发早期对其商业潜力评估错误而出现“假阳性”或“假阴性”现象，即为没有价值的项目过度投入或者错失极有价值的项目，从而带来巨大的损失。
五是开放式创新促成了知识的快速扩散，从而有可能导致研发机构失去对知识的所有权而蒙受巨大的损失。例如，现在很多企业一旦有新的发明，就会马上将其应用到产品中去，而不是首先申请专利。因为，在申请专利的过程中，该发明就可能成为“公共产品”从而一文不值。
风险管理对策
第一，要从能力、责任、制度、技术和财务等方面对创新合作伙伴进行详尽的风险考核，选择发展稳健的合作者，降低合作创新的风险。在合作者的数量上，以精简为原则，尽量缩短合作链条，以减少合作创新中的不确定性。
第二，加强企业对研发成果商业潜力的早期评估能力，或者与专业的评估机构进行合作，充分评价“流出”和“流入”企业的创意的潜在商业价值，从而避免造成损失。
第三，通过改善企业内部的人力资源管理方式、规范人事规章制度、建立合理的创新激励机制，保持对企业内外人才的吸引力，稳定企业内部研发组织结构、避免企业核心研发人员过多离职出走，从而避免企业内部创意流失。
第四，为企业新创意的“流出”和“流入”建立缓冲地带，即在企业内部成立风险投资部门对新创意的“流出”和“流入”进行投资与管理，既可以提高新创意为企业赢利的几率，又可以避免那些真正具有商业潜力的新创意脱离企业而有利于竞争对手的局面。
第五，企业必须强化对知识产权的管理，既要增强对企业知识和技术泄露风险的控制能力，也可以通过技术转让、产权保护等手段获取一定的报酬和利润。
第六，不断反思、革新企业的商业模式。开放式创新主要强调的是企业整合创新资源的能力，即“怎么卖胜过卖什么”。从本质上来说，创意与技术本身是没有任何价值的，它们的价值是由将其市场化的商业模式决定的。商业模式相当于中介机构，从而把技术领域和经济领域连接起来。一项普通的创意或技术配以非常先进的商业模式可能会比非常先进的创意或技术配以普通的商业模式更能创造价值。
管理“假阴性”
在开放式创新理论的提出者亨利·切萨布鲁夫（Henry Chesbrough）教授看来，对“假阴性”项目缺乏有效的管理正是开放式企业创新中的主要风险所在。他列举了两个案例说明对“假阴性”创新项目进行有效的管理是多么重要。第一个案例是一种名为UK-92480的化合物，该化合物本来是辉瑞制药公司为治疗高血压开发的，不过由该化合物制成的药品对于治疗高血压不仅没有积极作用，副作用还比较大。辉瑞公司没有放弃对该项目价值的探索，最终将其转化成了最赚钱的一种药品——万艾可（Viagra）。第二个案例是一种名为沙利度胺（Thalidomide）的药品，该药品在20世纪60年代被用来减轻孕妇的孕期反应，因为导致大量的婴儿出生缺陷而被剔出了市场。不过在90年代后期该药又重新进入市场，因为科学家发现它对于治疗骨髓瘤有显著疗效。
我们可以通过以下五种方法管理“假阴性”项目。
第二，放弃对项目的投入后观察研究者的态度，因为研究者对于项目的技术价值（这也是项目最重要的价值所在；另一个比较重要的价值是项目的商业价值，研究者对其往往认识不够）有比较深入的认识。研究者对于终止进一步的项目投入会做出什么样的反应？他们是转而研究下一个项目还是仍然花费时间在这个被终止的项目上？
第三，把“失败”的项目呈现给外部人员，观察他们的看法。例如，当IBM公司在1998年把它的XML解码器软件放置于其外部的Alpha Works网站上时，它已经放弃了对这个项目的投入。然而，从这个网站下载该软件的人数是通常情况的十倍。IBM注意到人们对于XML解码器软件的极大兴趣，并开始更加积极地探索此技术且最终获得极大商业价值。
第四，把否决的项目向外进行专利授权，使其他企业来甄别其价值。宝洁公司制定了一项政策，如果一项专利技术在3年之内都没有被应用到宝洁公司内部任何一项业务之中，那么这项技术就可以被授权给其他公司使用，甚至是竞争对手。宝洁明智地认为技术是很容易过时的，而且将一项技术束之高阁只会造成对其潜在价值的浪费。如果宝洁不使用它的话，那么最好让其他企业使用。
第五，通过衍生企业（spin offs）处理“假阴性”项目。衍生企业相当于项目在企业内外流动的缓冲地带，衍生企业人员的积极性会揭示出关于某个项目潜在价值的新信息。例如，当朗讯新企业集团（Lucent New Ventures Group）把朗讯数字视频（Lucent Digital Video，简称LDV）剥离出来作为一个独立公司时，前者认为数字视频距离市场应用还差得远。当LDV开始运作后，情况立刻变得很明朗，那就是数字视频的市场前景远比朗讯最初的设想要近得多、大得多。朗讯发现这个小企业通过绑定数字视频编码器，每年向中国市场售出了数亿美元的电信设备。朗讯最终重新获得了这个企业的其余股权，并加速使自己向数字视频转变。如果朗讯没有剥离出这个衍生企业，那么朗讯永远都不会意识到数字视频技术的市场潜力。 第一，在整个创新过程中不断进行项目价值的评估，而不是等到项目尾期才进行价值评估。通过不断对比对项目价值的预测、对项目的投入、企业内外人员与机构对项目的认识与评价，企业可以及时地决定是否继续进行项目的研发。 创新项目可以粗略地划分成四种类型：确实有价值的项目；确实无价值的项目；“假阳性”的项目；“假阴性”的项目。“假阳性”的项目是指在早期的研发项目评估中，一些看起来很有商业潜力而事实上并没有多大价值的项目，由于评估错误而导致研发资源的浪费。摩托罗?公司的“铱星计划”就是一个典型。不过，这种错误极少发生。“假阴性”的项目则恰好相反，是指一些在早期看起来毫无价值，但其实是非常有开发价值的项目，由于评估的失误或者是由于该项目难以适应企业的商业模式而在企业内显得没有前景而错过了研发并获利的商业机会。另外，通常一些项目会在新市场而非企业所在的传统市场实现自己的价值，或者是因为能与其他项目、技术相组合而变得身价倍增。