对转基因食品的安全性持怀疑态度主要出于两种原因：一是认为转基因在专家学者群体或者公共舆论层面上还存在争议；二是认为转基因食品是新生事物，对其研究尚浅，科学家可能还有“考虑不周”的地方。
转基因在公共舆论中的确存在争议，但舆论中的争议要看争论的双方是谁，以及争论的内容是什么。如果是一个肿瘤科医生和一个程序员争论癌症的治疗问题，大家显然会认为肿瘤科医生更了解情况。转基因问题也是如此。
那么科学家群体内部有争议吗？应该说，确实有一些隔行学者质疑过转基因的安全性，但是，与转基因安全性最密切相关的分子生物学、食品毒理学领域的科学家对其安全性是有共识的，不存在争议。
众所周知，2016年全球有100多位诺贝尔奖得主联名支持转基因技术，其中包括多位生物学领域的开拓者、泰斗级人物，这是转基因安全性在主流科学家中存在共识的表现之一。
更为重要的是，和我们平常所看到的“争论”不同，科学家如果对一个问题有不同观点，并不是通过和别人“打嘴仗”或者接受媒体采访的方式来表达，而只能通过做实验、发表论文的方式来表达。然而，目前全球还没有一篇获得学术界普遍认可的、发表在权威学术刊物上的文章，能证明转基因确实存在安全问题。这并非转基因安全性的研究做得少，全球已有至少9000多篇关于转基因安全性的SCI论文，全球科学家为此耗费了数以百亿计的研究经费，却未发现转基因不安全的确凿科学证据。
欧盟对转基因技术的安全性研究进行了25年，500个独立研究组、130个课题，耗费3亿欧元（这还不包括项目所在国的配套经费），是对转基因育种这项技术安全性最彻底的评估之一，结果也跟其他地区科学家获得的结论一致：转基因育种与传统作物育种一样安全。
正是基于这些可靠的研究，世界卫生组织、联合国粮农组织、欧盟食品安全局、法国科学院、日本厚生劳动省、美国食品药品监督管理局、英国皇家学会、美国国家科学院、中国科学院等权威机构都对转基因安全性发表了声明，均认为转基因食品与传统食品一样安全。
有人认为“转基因食品是新生事物，科学家也可能有考虑不周全的地方”，这是对基因工程的历史不了解所导致的。早在1971年，美国生物学家伯格就做了人类历史上第一例基因工程（我们所说的转基因）实验，1974年美国科学院专门成立了一个委员会，讨论怎样规范基因工程的程序，以避免产生安全问题。转基因技术发展到今天，从科学基础到实验原理、过程、效果，科学家已经了解、明晰，因此，该领域从未发生由于科学问题导致的安全事故。
转基因植物已经面世20多年，而基因工程的历史更久。可以说，公众所担忧的问题，科学家早就想过、做过、验证过，公众想不到的问题，科学家也早就考虑到了，毕竟全球有数以万计的科学家，他们的工作就是天天琢磨这些问题。
