随着大遗址旅游的发展，来大遗址参观的游客越来越多，必然会引起有关部门对大遗址内以及周边地区进行配套基础设施的升级改造，如道路、服务设施等，这都可能对大遗址环境风貌甚至大遗址本身造成破坏。
大量参观的游客对大遗址也可能会造成一定的破坏。随着大遗址旅游的发展，必然会吸引越来越多的游客，游客在游览过程中,呼出的二氧化碳气体中含有大量的水分，可能会使大遗址内出土展览的文物受到影响，同时一些游客对大遗址的踩踏、攀登、刻画等行为也会损坏大遗址。
保护大遗址的目的是为了更好地利用，使其发挥更大的社会效益和经济效益。“保护为主，抢救第一，合理利用，加强发展”是我们应该坚持的原则。大遗址作为一处重要的旅游资源，既可吸引游客，获得经济效益，又可对人们进行教育，弘扬传统文化，使其领会中华民族灿烂的文明，增强民族凝聚力和向心力，唤起游客保护大遗址的意识。
这样，既保护了大遗址，又达到了发展旅游的目的，所以大遗址保护与旅游发展是可以相互促进、和谐发展的。那么怎样才能做好大遗址保护，使其和旅游发展相互促进、和谐发展呢？我认为可以从以下几点着手：
1）大遗址保护部门应将大遗址保护和本地区旅游事业的长远规划结合考虑，争取地方政府对大遗址的投入。要让各级政府部门和各有关主管部门认识到大遗址在中华文明史上占有极高的地位，具有重要的价值，大遗址是了解中华文明的一个重要窗口，大遗址可以作为地方政府的一张名片，大遗址对发展旅游有重要的促进作用，保护大遗址就是保护地方的旅游资源，深刻认识到保护大遗址的重要意义，使他们在制定本地区旅游事业发展规划时，对大遗址保护有个正确的定位，对大遗址保护有明确的规划，确定大遗址保护大方向，给大遗址保护创造更有利的条件。
2）大遗址保护部门可以协助地方政府因地制宜在适合开发旅游资源的大遗址保护区域发展以大遗址旅游资源为核心，在大遗址内发展观光农业，在大遗址周边发展以大遗址为依托的具有历史文化特色的旅游、休闲、商务、餐饮、娱乐等产业，增强大遗址的人气，促进旅游事业的发展。在不适合旅游发展的大遗址保护区域，制定文物保护措施，设置专人看管，防止自然因素、人类活动对大遗址造成损害。
3）争取地方政府及各级人大的支持，建立有关大遗址保护的各项规章制度，对危害大遗址安全的行为从制度上予以明确制止，如：对一些对大遗址造成破坏或影响其环境风貌的建设项目要从制度上予以制止等等。
4）大遗址保护部门与政府部门在文物保护工作方面应密切配合,建立紧密的合作关系。
5）大遗址保护部门应该研究对大遗址进行保护的技术方式，不断对大遗址进行历史文化研究，充分挖掘大遗址内涵。另外，大遗址保护部门还应该把这项工作和发展旅游相结合，使其成为一项旅游资源的亮点，为旅游发展提供有效的资源，为旅游发展提供强有力的支撑。
6）旅游部门在向外推介旅游资源时，应该对大遗址加大推荐力度，以吸引更多的游客参观大遗址，另外对游客参观大遗址进行旅游警示，避免游客的不规范行为对大遗址造成损害。
大遗址保护部门应该对大遗址及大遗址出土的文物进行系统完善的研究，充分挖掘其更深层次的内涵，重视宣教工作，把提高大遗址可看性及游客满意度放在首位，提高对游客的吸引力，让游客乘兴而来，满意而归，促进大遗址旅游的发展。