1992年8月，单士元就古建工艺因“文革”破坏而难以为继，甚至连小木作的工艺大都不如以前，基本上没有谁能做到上世纪50年代的水平了，以致当时故宫院内古建保护修缮存在不能按传统工艺施工与外请民工不按规范甚至减少工序操作的问题，向国家文物局上呈报告。
他建议“为了使擅长传统工艺技术匠师手艺能继续传给青年古建的从业者，拟通过匠师口传和施工实践形式，录音摄像存档留世，为今后修缮古建工程做示范，为验收工程质量做准绳。这样多年后，则犹如像老匠师在施工现场在把关。”国家文物局主管领导接到报告后，马上作了明确批示：“单老的建议对于保存延续和研究传统古建工艺十分重要！”“好事一桩，应予支持！”
古建专家罗哲文先生得知后非常高兴地说：“在古建工艺的保护与研究上，特别是近十几年来，单老发挥的作用非常大，他随时随地都在宣传保护传承古建筑传统工艺技术的重要性。”今年是单士元诞辰110周年，想起往事，我非常欣喜，感到国家下大力气促进落实古建工艺的保护传承工作，单老可以含笑九泉了。
上世纪50年代初，单士元在故宫任古建部主任，主管古建业务，因营造学社复建无望，就筹建古建修缮工程队，凡附丽于建筑的多种工艺，他皆关注，延聘各类工种古建匠师，如鎏金工、雕刻工、油漆工、镶嵌工、彩画工、瓦工、木工、石工、裱棚工、雕砖工等。工作之余，他从历史档案中检出清时造办处所列各项工种，如髹漆之工、小木作之工、自鸣钟之工等史料。
对此，单士元解释道：“如能日与众哲匠耳濡目染，可粗识多种营造工艺，此是遵循中国营造学社社长朱启钤倡导的指示，要沟通儒匠，睿发智巧一扫轻艺之积习。这样始能获得哲匠世守之工耳口相传的古建营造技术。只有这样才可称之为营造之学”。当时他在故宫供职已有30年了。他认为故宫是祖国文化宝库，其灿烂辉煌都是通过营造之学与工艺完成的。
1958年下半年，为庆祝新中国第一个十周年，组织决定让单士元全面负责故宫太和殿维修任务。当时太和殿建筑本体基本不需要修缮，但室外绝大部分彩画脱落非常严重，必须重新彩绘。这就涉及到彩绘传统古建工艺技术。单老就查阅有关清代文献资料，最后决定按清康熙三十六年(1697)重建太和殿的彩画来重绘太和殿外檐彩画，做到内外一致恢复康熙盛世原状，以喻新中国繁荣昌盛。
维修方案上报后，很快就获批准。他随即请来几年前已聘在故宫工程队的原南城九龙斋画店著名画师何文奎与北城鼓楼文幹斋掌门匠师张连卿主持彩绘技术工作。何、张二匠师带领部分青工，将太和殿内檐彩画摹拓下来，作为重饰外檐彩画的依据，在进入实地彩绘时，两位匠师与青工要攀上高高的脚手架，或蹲或站仰头悬臂一笔笔认真仔细去画。单士元也时时攀上高高的脚手架或亲自查看或向师傅求教。
这个彩绘大修工程于1959年9月全部按时高质量地完成了。工程完成后，单士元请工程队技术高超的匠师，在冬季不能室外工地干活儿（即“扣锅”）时，于室内制作故宫古建模型。他要求模型要有缺切面，按比例缩小尺寸，但一定要与真建筑一模一样，即必须严丝合缝，所有木结构部件一个也不能缺，同时还要做到长期摆放不变形、不松架。匠师们按要求做成的第一件模型是故宫西北角楼的一角，第二件是钟粹宫正殿歇山殿大木结构的一角，第三件是御花园四柱八角盝顶井亭。这三座模型都保留下了明代建筑工程的工艺技法以及榫卯结构，当年展出时，不但外行观众夸奖，古建专家们更赞叹这些能工巧匠们的精湛技术，而且为后来的故宫大修提供了技术依据。
单老退休后，被文化部任命为故宫工作咨询指导顾问，他坚持照常上下班。对一些在维修保护中发现的问题及时向主管院长反映，并提出自己的意见与建议。但当时很多人不理解，甚至抵触。为此单老感慨地说：“我们对古建筑维修保护就像保护老人身体一样，最重保健，若动手术就要慎之又慎。但令人遗憾的是，现在是‘保健医生’‘护士’不积极想办法，而‘外科医生’太热心啦！”
上世纪50年代，单士元就在故宫负责组建了全国第一个古建修缮工程队，他日日与匠师在一起，不仅学到不少古建工艺技术技法，还对工匠精神有了更深的理解并坚持将之发扬光大。上世纪80年代，在故宫青年工人培训业务学习或工作中，单老经常给他们讲解。比如古建明柱的油漆保护层做法，单士元说，古建筑中的明柱是脸面活儿，油漆保护层做完以后要做到“光照一条线”，就是用光在明柱一侧由下往上顺着柱子照亮，在明柱的表面出现上下一条均匀的光亮直线，而不是粗细不匀的亮线。
要做到这一点不仅操作方法要正确，而且油匠的技术水准要高。有一天单老转到施工现场，看到有几个青工在和水泥、沙子及白灰，可他们将水管儿一开就扎堆玩笑去了。单老见此状，便上前笑着说，你们在搅拌施工用料时可不能粗心大意啊！这就像我们在家里吃芝麻酱面，在调拌酱料时一定得先少放水，待慢慢调匀出香味时，再一点一点续水调，这样芝麻酱才能拌均匀。当时这几位小青工还不认识单老，后来才渐渐与单老熟起来，不仅改变了工作中的不当操作，还经常主动到单老办公室请教，但“拌芝麻酱老头儿”的美名却在院中传开了。
如果传统古建营造技术工艺属非物质文化遗产，那么可以说，单士元先生早在60余年前，就已经有意识地对其重视与保护了。上世纪30年代，中国营造学社成立，诸多建筑大师用科学理念建立起了我国古建筑研究体系，单士元无疑是这个体系下，对我国古代建筑营造工艺技术保护与弘扬最有力的践行者之一。