良渚水利系统的发现可以追溯到20世纪80年代，1987年，大遮山南麓的塘山因其特殊的地貌形态，受到考古工作者的关注，根据塘山遗址的形态和位置，考古工作者推测，它是良渚时期建造的防洪堤坝，由此，良渚水利系统初露端倪。
2009年9月，因基本建设的需要，良渚古城西北方的岗公岭土山被挖开，后来发现这是一处人工堆筑的古代水坝。浙江省文物考古研究所，随即对周边进行勘查，先后发现了老虎岭、周家畈、秋坞、石坞、蜜蜂垄五处类似的水坝遗址，这些水坝都位于两山之间的谷口位置，坝体较高，构成一组高水坝群。
为寻找其他可能存在的水坝，考古工作者开始利用新的科技考古手段，正是在1969年拍摄的那幅卫星影像上，考古工作者发现了高坝群下方几处疑似水坝的遗迹。
至2013年，鲤鱼山、狮子山、官山和梧桐垄水坝遗址被先后确认，这四条水坝坝身较低，构成一组低水坝群，它们通过南山、栲栳山等自然山体与塘山土桓相接，形成良渚水利系统的第二道防线。
“不识庐山真面目，只缘身在此山中”。现代科技手段，为考古工作者提供了更广阔的视野，为良渚水利系统的发现划下一个阶段性的句号。
良渚时期的水坝都由人工堆筑而成，塘山土垣底部铺有石块，上部覆盖黄土坝体，其他水坝都位于两山之间，以淤泥和黄土逐层堆筑，形成坝身。水坝的作用首先在于防洪，坝体阻挡洪水，在迎水面一侧形成大片水域。
据计算，夏季洪水期时，从西北山谷到西南低坝，将形成一个面积广大的人工湖泊，人工湖的形成，大大提升了良渚古城西部的水上运输能力，使山地资源得以充分利用，通过修建水渠，还能将坝区的水引向周边稻田，发挥水利系统的灌溉功能。此外，良渚古城区域的河流都为季节性径流，水量季节差异很大。
丰水期时，水坝拦截多余水量蓄水待用，枯水期时，水坝排放蓄水，补充水源，为良渚古城及周边地区提供稳定的洪水，维持水上交通所需的正常水位。
中国水利史，一般都从4000年前的大禹治水讲起，但大禹治水的遗迹并未留存至今，良渚水利系统早于大禹治水1000年，而且保存比较完好，它的发现改写了中国水利史。
良渚水利系统的营建，为良渚时期大工程建设的组织和管理积累了经验，为良渚国家的形成奠定了基础。
