佑宁寺，全称“郭隆弥勒洲”，位于青海互助土族自治县，属藏传佛教格鲁派，为安多地区四大寺院之一，被尊为“湟北诸寺之母”。相传寺址附近原建有萨迦派寺院，亦曾盛极一时，明时衰微。明万历十二年（1584年）三世达赖喇嘛索南嘉措在此为10余万僧俗信众讲经说法，建议部落头人在此建寺以弘扬格鲁派教法。
万历三十年（1602年）四世达赖喇嘛云丹嘉措自内蒙古赴西藏坐床途经此地，周围13个部落头人联名提出建寺请求，并祈请四世达赖喇嘛从西藏派人前来主持建寺事宜。第二年，四世达赖喇嘛和四世班禅罗桑却吉坚赞派七世嘉色·顿悦却吉嘉措前去建寺。万历三十二年（1604年），七世嘉色活佛在一世松布·却丹嘉措等人的协助下，建成大经堂，并开设显宗学院，寺院始成。后逐步建成密宗、时轮、医明学院，以学风严谨、制度严格、名僧辈出、佛法兴盛而闻名遐迩。清康熙年间，寺僧达7000余人，寺院建筑2000余间，成为湟北第一寺院和青海著名大寺。
历史上，佑宁寺还以著名活佛多而闻名，有“佑宁寺多名僧”的说法。该寺盛时有活佛转世系统30余位，其中章嘉、土观、松布、却藏、王佛5个活佛转世系统被清政府敕封为“呼图克图”。章嘉活佛成为藏传佛教格鲁派四大领袖人物之一，辅政弘教，为维护祖国统一、增进民族团结作出了重要贡献。
作为管理藏传佛教的重要措施，清代中央政府曾向藏区主要寺院赐额赐匾，由于佑宁寺的重要地位和特殊影响，清政府亦曾两次赐匾。第一次是雍正十年（1732年），雍正皇帝赐寺额“佑宁寺”，自此，该寺以“佑宁寺”之名传世。第二次是乾隆十四年（1749年），乾隆皇帝赐“真如权应”匾。清政府两次赐匾佑宁寺，是在不同历史背景下，寄望其发挥不同的历史作用。
第一次赐匾，清政府希望佑宁寺在政治上发挥维护社会稳定的作用。雍正元年（1723年），青海蒙古族亲王罗卜藏丹津叛乱，由于郭隆寺僧众素与罗卜藏丹津关系密切，其子寺郭莽寺僧众加入叛军，郭隆寺部分僧人则趁机劫掠。清军认为郭隆寺是反叛据点之一，雍正二年，年羹尧、岳钟琪等率军进剿。该寺则从农村牧区征集壮丁与清军对抗，结果大败。三世章嘉·若必多吉被俘，然后被辗转押送到北京。
因其年幼以及章嘉呼图克图在藏传佛教中的重要地位，雍正皇帝令其从同属郭隆寺的著名驻京呼图克图二世土观活佛学习佛法，还曾与皇子（即后来的乾隆皇帝）同窗读书，学习汉、蒙、满等文字。雍正十年（1732年），三世章嘉活佛与二世土观活佛恳请雍正皇帝重建郭隆寺，雍正特敕命发帑派官重建，赐寺额“佑宁寺”，并赐碑文以记其事。
所谓“佑宁”，有说法认为是“保佑西宁”之意。但此说似乎不确。雍正在“敕赐佑宁寺碑文”中指出，“役既告竣，以旧称不雅，敕定嘉名，赐额曰‘佑宁寺’，并纪文勒石，以昭久远。”并希望该寺重建后出现“鸿慈普佑，永载清宁”的胜景，期望“兹寺与西土山川同其悠久可也”。因此，“佑宁”应为“以大慈普佑众生、永保社稷清平安宁”之意。正像雍正所言，佑宁寺“地处通途，喇嘛之自西藏来者，于兹取道”，在清代既是连接西藏与内地之间的重要枢纽，也是联系中央政府与西藏地方之间的重要纽带。故清政府赐匾“佑宁”，意在希望佑宁寺在经历叛乱后，能够总结经验，发挥维护社会稳定的积极作用，佑护西南边陲安宁。此后，佑宁寺确实在政治上发挥了维护社会稳定、加强中央政府与西藏地方政治联系等历史作用。
第二次赐匾，清政府希望佑宁寺在宗教上发挥弘扬正法的作用。乾隆初年，青海地区的一些蒙藏佛教寺院受到了当地汉族贪官和衙役们的破坏，为“使寺院受大皇帝颁赐的敕令的保护”，三世章嘉呼图克图请求乾隆皇帝给塔尔寺、佑宁寺、广惠寺等寺院颁赐字匾。乾隆十四年（1749年）三世章嘉返回青海讲经说法，将字匾颁赐各寺，其中，赐给佑宁寺“真如权应”金字紫匾一面，以及镶嵌珠宝的释迦牟尼佛像和敕书等。这是清政府第二次向佑宁寺赐匾。乾隆赐匾，使青海各寺受到尊重和有效保护，并促进了青海地区各民族间的和睦与团结。
所谓“真如”，为佛教术语，亦作“如如”“实相”“法性”等，指绝对不变的“永恒真理”或本体、诸法实相。《成唯识论》上说，“真谓真实，显非虚妄；如谓如常，表无变易。谓此真实，于一切位，常如其性，故曰真如。”所谓“权”，也作“权衡”，亦为佛教术语，指佛以神通而现的实相。《止观》上说，“佛日初出，权者引实，闻法即悟。”“应”可理解为“印证”“应现”等意。故“真如权应”，意为“佛法真理以佛示现的诸法实相加以印证”。乾隆皇帝此举意在希望佑宁寺弘扬和证悟佛法真理，成为弘扬正法的藏传佛教典型，在宗教上发挥弘扬正法的作用。
历史上，佑宁寺切实发挥了弘扬正法的作用，不仅名僧辈出，而且法务兴隆，寺院也确因其弘法成就而声名远播。佑宁寺弘扬正法的成就首先体现在译经著述方面。佑宁寺高僧在翻译佛经、著书立说等方面取得了重要成就，为弘扬正法、增进民族文化交流作出了卓越贡献。
译经方面，乾隆七年（1742年），三世章嘉奉命主持，将藏文大藏经《丹珠尔》全部译为蒙文，乾隆三十七年（1772年）又奉命主持，将其译为满文。乾隆十七年（1752年），三世章嘉经皇帝批准将汉文大藏经中的《首楞严经》译为满、蒙、藏三种文字。著述方面，三世章嘉的《第七世达赖喇嘛传》《文典智源》，三世土观的《佑宁寺志》《三世章嘉若必多吉传》《塔尔寺志》等，三世松布的《如意宝树史》《青海历史梵曲新音》《密咒总义》等，在藏传佛教界和学术界享有盛誉，反映了佑宁寺的高超佛学水平。佑宁寺弘扬正法的成就还体现在掌教辅国方面。
作为清中央政府册封的著名呼图克图，佑宁寺高僧奉命掌管蒙藏地区有关宗教事务，为佛教在边疆的弘传发挥了重要作用。由于辅政弘教业绩显赫，佑宁寺高僧获得了清中央政府的高度礼遇。自第二次赐匾以来，众多高僧获得清政府的特殊赏赐。乾隆十六年（1751年），赐给三世章嘉“振兴黄教大慈大国师”封号，并赐金印一颗。道光八年（1828年），赏赐四世章嘉锡制镀金“大国师之印”及诰命；同治九年（1870年），封五世章嘉为“大国师”，并赐金印金册。光绪三十年（1904年），封七世章嘉为“灌顶普善广济大国师”，并赐印信，等等。
