文化的一个重要的组成部分，对日本的文学、音乐、美术和日常生活都有着重要的影响。日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和镰仓。
京都地区著名寺院
金阁寺
正式的名称是鹿苑寺，位于北区，是京都北山文化的中心。作为该寺舍利殿的金阁，二、三层贴满了金箔，因此显得金碧辉煌。金阁寺住宅式的建筑，配以佛堂式的造型，和谐幽雅。是庭院建筑的杰作，表现了足利义满吸收各种文化的格调与品位。寺中的池泉回游式庭园也颇引人注目。
大德寺
位于北区，始建于1351年，曾一度成为日本佛教五山之首,是洛北最大的寺院，也是禅宗文化中心之一，其中尤以茶道文化而闻名。著名的一休大师（聪明的一休）曾任主持。大德寺内尚有大仙院、养源院、瑞峰院和高桐院四个寺院散在其间。其中大仙院的庭院是江户初期枯山水庭园的代表作，景致优雅。
三千院
位于左京区，是一座建在高地上的天台宗寺院，极乐院中安置的三尊阿弥陀佛像，非常有名。寺院内古树参天，青苔遍地，溪水潺潺，4月樱花、5月杜鹃花、7月紫阳花、秋季红叶，一年四季自然景致令人赏心悦目。
寂光寺
位于左京区，据传是由圣德太子于594年创建的天台宗尼庵。平家灭亡后，安德天皇的母亲建礼门院即由此寺出家为尼。本堂中有一尊高达2米多的地藏像。寂光院最为著名是院内的日本庭园。与其它庭园相比，寂光院的庭园更显精巧别致，雅趣昂然。由环游式庭园的正面的任何位置均可观赏到三层瀑布的精彩水景。
清水寺
位于东山区，始建于798年，是京都最古老的寺院，清水寺的山号为音羽山，主要供奉千手观音,此寺为法相宗的总本山。本堂前悬空的清水舞台是日本国宝级文物，四周绿树环抱，春季时樱花烂漫，是京都的赏樱名所之一，秋季时红枫飒爽，又是赏枫胜地。清水寺的茶艺名列京都之首。
知恩院
位于东山区，由法然上人于1175年始创的净土宗的总本山。在京都的寺院中规模最大，院内有日本最大的大门，还有日本最大的巨钟。
醍醐寺
位于伏见区，为真言宗醍醐派的总本山，847年由理源大师创建。寺内的五重塔是京都最古老的建筑之一。醍醐寺山门右手的叁宝院,规模宏大，是代表丰臣秀吉桃山时代的重要宝藏。丰臣秀吉鼎盛时期在此举办盛大的“醍醐赏花”会，尽显登峰造极之势，醍醐寺也因此天下闻名,成为赏樱圣地。
教王护国寺
位于南区，因该寺为东寺真言宗的总本山，故俗称“东寺”。寺内有高达57米的五重塔是日本最大的佛塔，还收藏有平安时代以来的各种珍贵文物。
妙心寺
位于右京区，位临济宗妙心寺派的总本山，山号正法山。1337年由花园太上皇将自己的离宫改建为禅院，是典型的禅宗寺院建筑，被京都市民称之为西之御所。40万平方米的寺内建有七堂迦蓝，在日本仅此一寺。国宝梵钟也是日本最为古老的。
广隆寺
位于右京区。622年奉圣德太子之命而建，为真言宗的总本山。因该寺为飞鸟时代最为杰出的寺院建筑而被指定为日本第一号国宝。寺内安放着弥勒菩萨半跏思惟像。
三十三间堂
正式的名称是华莲王院。位于东山区。始建于1164年，1266年再建，寺名由支撑寺庙的33根柱子之间的柱房而来，里面安置了1001尊木制千手观音像，京都最精彩的寺院建筑。
奈良地区著名寺院
兴福寺
为“南都七大寺”之一法相宗的总本山。710年作为藤原家的家寺迁到现在的寺址。经数度火灾，原寺的建筑及器物已十不存一。现寺内仍有东金堂、五重塔和三重塔等不少国宝。
东大寺
为“南都七大寺”另一大派别华严宗的总本山，也是日本屈指可数的大寺院之一。752年由圣德太子创建。寺内有三月堂、南大门、金堂，还有专门用来收藏古代美术品、工艺品的正仓院和高达14.8米的卢舍那佛坐像(俗称“奈良大佛”)。
唐招提寺
是由中国唐代高僧鉴真大和尚于759年开山建立的巨刹，为律宗的总本山。该寺摹仿了中国寺院的建筑格式和布局，寺中处处可以看到中国文化的影响。金堂中供奉的众多的佛像和鉴真坐像是天平时代的精品。
药师寺
为“南都七大寺”之一法相宗的本山。680年奉天武天皇之命建立。现存寺内的药师三尊像和吉祥天画像是日本佛教美术的最高杰作。
法隆寺
位于奈良县斑鸠町，故俗称“斑鸠寺”。据传为圣德太子于607年创立，为“南山七大寺”之一圣德宗的总本山。金堂、五重塔、中门和回廊的一部分是现存世界上最古老的木造建筑物，因此被指定为世界文化遗产。
镰仓地区著名寺院
瑞泉寺
最初为梦窗国师于1327年创立的临济宗建长寺派的寺院，后成为镰仓御所足利的墓地。寺境面积16万平方米，为镰仓最大。寺内的水仙和梅花非常有名。
高德院
境内有一座铜制阿弥陀佛坐像，俗称镰仓大佛。像高11.39米，加上莲花座大13.4米。重121吨，是1252年铸造的，现在成了古都镰仓的象征。
海光山慈照院
俗称“长谷寺”，为736年建立的净土宗的名刹。寺中由一根巨木雕成的十一面观音立像高达9.2米，是奈良时代的作品。该寺建在半山，可远眺比滨和叶山海岸风景。
其他寺院
除了三大古都以外，东京的浅草寺和岩手县平泉町的中尊寺也是非常有名的寺院。
浅草寺
创建于628年，为圣观音宗的总本山。“浅草”本为藏语音译，意为“圣观音居住的地方”。该寺祀奉的圣观世音菩萨也称“浅草观音”。山门上挂着的大红灯笼和寺前的商业街充满了江户情调，成了外国游客必去的地方。
中尊寺
该寺是由慈觉大师于850年开山的天台宗寺院，是古奥州藤原文化的最大古迹。寺内有藏着藤原三代木乃伊的金色堂。堂中遍张金箔，光彩夺目，原为收藏“一切经”等佛典而建。该寺被称为平安时代工艺美术品的宝库。
