自东汉时期佛教传入中国之后，最开始的僧人主要来自西域，汉人出家者极少。《高僧传》记载“（佛教）初传其道，唯听西域人得立寺都邑，以奉其神，其汉人皆不得出家。魏承汉制，亦修前轨。”当时政府规定汉人不许出家，所以寺院的僧人规模并不大，他们的生活主要靠信众的布施为主，所得仅够维持寺院日常开支，也没有形成所谓的寺院经济。
到了魏晋时期，由于社会上战争不断，人们对生活失去信心，纷纷转投到宗教门下，寻求心理上的平衡，祈盼神灵的保佑。而统治者也积极推崇佛教，佛教在这一时期得到飞速发展。到了六世纪初，寺院遍及我国南北各地，出家僧尼的数量超过200万人。
在这种新形势下，寺院仅靠布施显然已无法满足生存的需求，寺院经济必然面临转型的问题。这一时期寺院经济来源主要是靠国家授予的寺院“荫田”，也就是国家规定，出家人也可以分到土地，从事耕种。这种荫田“人各三十亩”，这是统治者承认寺院经济的开端。
在“荫田”之外，寺院经济还有几个渠道：一是皇家的赏赐。由于皇帝信奉佛教，经常会将国家的大量土地和附着在土地上的农民一道赏赐给寺院，比如梁武帝曾经一次性赐田200顷给无遮寺，后来又一次性赐田220顷给哲明寺，这都是慷国家之慨，以国家收入赏赐给佛寺的大手笔；其二是达官贵人的捐赠。皇帝信佛，那些达官贵人为了拍皇帝马屁，争先恐后的对寺院进行布施，一次舍田十数顷的只能算是小施主。其三是许多寺院仗着皇帝和贵族的撑腰，纷纷侵占百姓良田，或者逼迫百姓布施、捐献，要么以极低的价格强买强卖，侵占了大量的土地和财富。
寺院经济的经营方式有两种，一种是集约式的，另外一种是自给自足的。
所谓集约式经营，就是由寺院出面，将寺中下层僧人和依附在寺院土地上的僧户、浮图户和僧祗户以及租种寺院土地的佃户们组织起来，承担土地耕种劳作。除此之外，很多寺院还有自己的庄园、店铺，甚至从事客栈、仓储业务，个别的寺院还放高利贷，想尽一切办法抓收入。
寺院种植的农作物，除了粮食之外，也有很多经济作物。比如南朝许多寺院都种植茶叶，一些大寺院的茶山无边无际，每到采茶季节，农民们在寺院的茶山上“终日搞茶，只闻声，不见形”。
由于当时北方经济作物种类较少，北朝的许多寺院便把目光对准了养殖业。北朝许多寺院是耕牛和肉牛的养殖大本营。虽然僧人们并不食用牛肉，但贵族阶层对牛肉的需求是比较大的，而寺院本身种植的良田也需要耕牛去耕作，所以养殖也是寺院经济的一个很重要的组成部分。
当然，地租还是寺院最重要的收入来源。对于掌握大量土地的大寺院来说，靠庙里的僧户根本种不过来，于是他们会将土地出租给寺庙附近的农民耕种。相比于那些地主豪强，寺院的地租相对要稍便宜一些，比如在上饶府，地主的田租是每亩七斗二升，而寺院的地租是每亩六斗三升；在荆州地主的田租是每亩五斗五升，而寺院的地租是每亩五斗二升。另外收租时，寺院也较少出现大小斗的情况，用来收租的量具也比较正规，因此租种寺院田地是农民一个比较不错的选择。
寺院与佃农之间的关系，从本质上说还是一种剥削与被剥削的关系，但相比那些地主豪强的佃农，这种关系是也比较自由和松驰的。佃户可以每年租种，也可以签订几年的契约。在取得寺院土地的租种权之后，如何生产，种植什么作物，也有相对的自由度。对于农业生产上的事，寺院里的僧人们也比较少干涉，只要佃户每年如期交纳地租，僧人们也不去介入农民的生产。所以寺院并不具备社会特征，只是一个单纯的经济组织。
自给自足的寺院主要是一些偏远地区的小寺院，他们占有的土地不多，附近的农民数量也较少，所以这些寺院自己耕种土地，自给自足，依靠自身劳动，满足日常生活的需要。这种小型寺院数量不少，但占整体寺院经济比不高，只是寺院经济的一种补充。
中国古代寺院经济的种类很多，并不仅仅限于农业生产或者牧业养殖等农业领域。比如在手工业和商业方面，寺院经济都有涉猎，它们是整个寺院经济的重要组成部分，在某些特定时期甚至是主要收入来源。
自南北朝至北宋，许多大寺院都有自己的建筑队。这是因为佛教在中国的发展速度很快，寺庙数量增长惊人。而寺院建筑基本上都比较宏大壮观，需要极为高超的建筑技术，这是民间普通工匠难以胜任的。另外，寺庙的大佛雕刻、镀金、绘制壁画都需要专业人员，而这些专业人员往往都属于大寺庙所有。
古代修建寺院是一个庞大的工程，需要的工匠数量庞大，民间手工业者很难聚集成这么大的规模。同时修建寺院，必须要取得政府许可，在政府指定的地块上进行建设，而这种建设许可的发放中，大寺院的意见是举足轻重的。他们是最先掌握商机的一批人，而且对寺院的设计、布局有着最终解释权，所以当时政府建造寺院，通常会委托给名刹大寺，由他们负责监造。有了这种基础，寺院的僧人们也就随之开辟了生财之道，他们将天下的能工巧匠集合起来，成立由寺院主管的建筑队，无论是建造上，还是木工雕刻，还是漆工喷彩，都可以形成一条龙的服务，既方便快捷，又能保证质量，同时还能获得一笔不小的收入。
根据《唐会要-僧籍》的记载，魏晋至唐代的许多大寺庙如长庆寺、普光寺、江山寺、大觉寺等等都是由其他寺院的施工队建造的，这些施工队极尽工巧妙之事，建造出来的寺庙“巍峨不让龙宫，悬阁重轩，晓万层于日际”，得到了政府及佛教信众的肯定。而负责建造这些寺院的寺庙，从中也得到了不菲的报酬。
寺院商业是寺院经济的另一个重要组成部分。随着社会的发展，佛教日发世俗化，为寺院僧侣与俗世众人做生意开启了方便之门。同时寺院产出的农产品也需要一个销售的渠道，将多余的农产品变现，这是寺院商业的发展基础。
大相国寺是北宋首都开封的一间大寺，寺产众多，光是房间都有近五千间。而开封做为北宋时世界大都会，来往的客商和旅客非常多，这些人也需要住宿之处。于是大相国寺将这些闲置的房间利用起来，开设客栈或者进行租赁，临街的房间则被改成店铺，租给外地商人使用。据记载，当时租赁大相国寺的庙产开设的商店涵盖了水果店、肉铺、洗衣店、赌场，生意十分红火。甚至寺中的一些僧人也参加商人们的入股，不少僧人因此致富。该寺有一位名叫广静的僧人，相当有经济头脑，他在短短两年之内，收益达到二万缗铜钱，可谓古代的马云了。
从魏晋至唐代，僧侣们都在统治者的关照之下，获得了许多政治和经济方面的特权。自南朝梁武帝规定寺院的收入可以“寸绢不轮官府，升米不进公仓”以来，寺院和僧人们都享受免交税赋的特权。
随着佛教在中国的影响力越来越大，寺院获得的特权也越来越多。到了隋唐时期，不但僧人们可以不交税赋，连附着在寺院的那些佃户和僧祗户们，也不再担负税赋，甚至连国家的徭役也被免除了。在这种情况下，一些失地农民为了逃避税赋和徭役，纷纷投奔到寺院名下，他们或者将田产捐给寺院，成为寺院的僧祗户；或者租种寺院的田地，充当寺院的佃农。这样做的结果是国家的税收逐年减少，政府和寺院在经济上的矛盾越来越大。
中国历史上出现过几次较大规模的“灭佛事件”，也都与此有关。唐代名相狄仁杰说过：“今之伽蓝，制过宫阙，穷奢极壮，画绩尽工，宝珠殚于缀饰，瑰材竭于轮奂。”而根据《旧唐书》的记载，唐代寺院在建造上“务取宏博，竟崇瑰丽。大则费耗百十万，小则尚用三五万余，天下之财而佛有七八，百姓何食之矣！”
徭役是国家安定的根本，免除徭役更让统治者感觉到“穷吾天下，佛也。今天下僧尼，不可胜数，皆待农而食，待蚕而衣”，所以“三武一宗灭佛事件”也正是佛教寺院经济与国民经济的矛盾使然。
但是，从根本上说，佛教是以维护统治者的统治为根本目的的，这也是统治者不可能取缔佛教的根本原因。但是，中唐之后，统治者也注意到了寺院经济发展过于庞大对统治的危害，也注意从一些方面对寺院经济进行打压。特别是在宋代，政府实施了一系列针对寺院经济的政策，有效的抑制了寺院经济的膨胀。
为了抑制寺院经济过快发展和过度膨胀，唐末和宋代统治者采取了几项有针对性的措施，取得了一定的成效。
一是制定僧人度牒制度。这是一种类似平民户籍制度的措施，政府以度牒确定僧人资格，控制僧侣数量，防止一些人不经政府允许私自加入佛门，逃避赋税和徭役。
二是制定政策，取消僧人不交税的特权，规定寺院也要交纳一定的税收。宋代寺院需要承担的税赋种类主要是“和籴税”和“和买税”。“和籴税”就是“官出钱，寺出谷，两和商量，然后交易”，说起来就是官府用钱向寺院买米，但是事实上官府常有强行抑配之举，低价甚至不给价。特别是北宋中期之后，国家财政恶化，针对一些经济实力雄厚的寺院，甚至有“博籴”、“结籴”、“兑籴”、“寄籴”等多种名目的巧妙夺之法，强制摊派，对寺院经济的打击是巨大的。
三是僧人可以不出徭役，但要以钱相抵。王安石在变法中就规定之前免除徭役的官户、寺观户也要出钱助徭，每年要上交给政府一定数量的“助役钱”。即使王安石下台后，他的这个政策也被保留了下来，司马光废除新政，这条有利于朝廷的政策并不在废除之列。
到了元代，对寺院经济的抑制更加严厉。元代规定“僧人不得买田”，这就从根本上断绝了寺院经济的源头。对于已经占有的寺院田产，元代规定“在京不得过五十顷，在外不得过三十顷”，以政府的铁腕，宣判了寺院经济辉煌历史的死刑。
南宋之后，政府对僧人又加征了许多苛捐杂税，比如免丁钱，助役钱，预买税，加耗钱等等，名目众多，非但小寺院承受不起，大寺院也渐渐入不敷出。特别是元代蒙古人对汉人僧侣的剥削更加严重，朱元璋出家的皇觉寺本来也算是一个中等寺庙，僧人们连饭也吃不饱，朱元璋这才走上造反的道路。这时的寺院已谈不上有什么经济可言了。
中国封建社会的寺院经济，起于魏晋，繁荣于隋唐，衰落于宋元。从统治者的角度上来说，佛教有利于统治，是不可以铲除的；但寺院经济对整个国民经济是一种冲击，政府是不能放任不管，任其膨胀，危害统治的。所以明清两代，对寺院经济的管理相对元朝的苛刻来说，有所放松，但永远不可能恢复到隋唐时期的水平。
明清两代的寺院，可以通过皇帝的赏赐、信众的布施解决日常开支，也可以拥有少量解决自身吃饭和开支的不动产，但其规模受到限制，这即是为了防止大量人口流入佛门的政治需要，也是防止佛教与政府争利，危害政府统治的需要。
在此基础上，明清两代佛教与政权之间的关系，是一种依附关系，宗教的发展是受到政府管控的。这是封建社会上层建筑之间的斗争，也是历史的必然规律。
