萨迦寺始建于公元1268年，当年八思巴委托萨迦本钦释迦桑布主持兴建，后经历代扩建整修，总面积达14700余平方米。萨迦寺现在所见建筑为公元1948年全面维修时的面貌，在布局和风格上仍然比较忠实地保存了原有建筑的风貌。整座建筑坐西朝东，楼高三层，平面呈四方形坛城模式。由拉康钦莫大殿、拉康喇章、僧舍和城墙及其瞭望楼等建筑单元组成，整个建筑形成了井然有序、结构精密的密宗坛城。
进入萨迦寺，穿过东面门廊，也就是拉康钦莫大殿正门，就来到中心具有四合院格调的天井庭院，由此可以顺利进入拉康钦莫大殿的各个佛殿。拉康钦莫大殿是萨迦庞大坛城迷宫的中心，主体建筑东西长79.8米、南北宽84.8米、高24.3米。殿堂墙体十分敦厚，墙面涂有象征萨迦标志的红、白、青三色，饰有法轮、金鹿、海螺、圆镜和六字真言等图案，墙体顶部装饰着汉式木制斗拱和藏式白玛草，中心天井四周墙体顶部也运用了大量装饰性斗拱。大殿四周建有僧舍、具有宫殿建筑风格的拉康喇章建筑和其他附属建筑。
大经堂位于庭院正西，总面积5775平方米，正殿由40根巨大的木柱支撑直通房顶，最粗的木柱直径约1.5米，细的约1米左右。其中前排中间的四根柱子，被称为四大名柱，即“元朝皇帝柱”（也称“忽必烈柱”，据传为忽必烈所赐）、“猛虎柱”（相传此柱由一猛虎负载而来）、“野牛柱”（相传此柱为一野牦牛用角顶载而来）、“黑血柱”（相传是海神送来的流血之柱）。正殿高约10米，大厅可容纳数百名僧人诵经。
大经堂的正中法座上有一个木龛，木龛里供奉着萨迦寺的镇寺之宝——白海螺。据说，该白海螺是当年忽必烈送给八思巴的，是萨迦寺最神圣的宗教圣物。白海螺吹响后具有不可思议的功德，有缘亲耳聆听白海螺法号的人，可以得到无上的加持和福报，寺中僧人视其胜于生命，只有宗教吉日才开启龛中木匣，捧出海螺由喇嘛吹奏。大经堂里供奉着不同时期的佛教造像，很多是元、明以来的珍贵文物。据不完全统计，萨迦寺各种佛像约有两万多尊，其中铸有“大明永乐年施”款识的铜佛有数十尊。
大经堂正西佛像墙后，有一处堪称世界文化奇观的所在，这就是令人叹为观止的经书墙，萨迦经书墙不仅是萨迦寺的伟大杰作，而且也是全人类稀有的珍贵宝藏。经书墙的长度和高度几乎同大经堂的面阔和高度相同，长约60余米、高近7米，布局呈“凹”字形状，从下到上沿墙壁横隔为8个单元，从左到右竖隔为50余个单元，形成了一个巨型的书架。经书均为梵夹装，规格大小不等，最大的为“骏马驮”、“牦牛驮”和“犏牛驮”等，每部经书长约1.5米左右，高约50厘米，宽约30厘米左右，因其部头巨大、沉重，人力无法承重，需用良马、牦牛或犏牛等驮畜搬运而命名。经书墙中的世界之最是名为“八千颂铁环本”的经书，长1.31米，宽1.12米。经板上系有4只铁环，需由四位壮汉同时使力，才能搬动。经书墙每格书架上的藏经因部头大小不等而数量不同，整个经墙藏书数万部，其内容涉及藏族政治、社会、历史、法律、宗教、天文、历算、医学等人文和自然学科的方方面面。
银塔殿位于拉康钦莫大殿中心天井的北侧，殿内安奉着11座萨迦法王灵塔。据传这些灵塔均出自北寺，后被移至南寺供奉。萨迦法王灵塔前还供奉着一些小神像和财神像，这些神像也都是在萨迦北寺出土的。银塔殿内四壁绘有大幅壁画，其中南侧的壁画形象记录了萨迦历史上的一些重要事件。
普巴殿位于拉康钦莫大殿中心天井的南侧，是修持普巴金刚的殿堂。大殿内供有萨迦班智达、八思巴、文殊、释迦牟尼和无量寿佛等铜质鎏金佛像，四壁绘满了诸佛、菩萨和护法单尊画像。普巴殿是萨迦传统法会普巴金刚法会和大黑天法会的主殿，每逢法会期间，普巴殿内都要悬挂与法会仪轨相关的珍藏唐卡。
八思巴殿位于拉康钦莫大殿的南侧，是萨迦五祖八思巴居住和圆寂的宫殿，还曾是萨迦高级佛学院的学堂。八思巴殿兴建于元代，经历代维修形成目前的规模。大殿内供奉着许多佛像，大多是明清时代的珍品。八思巴殿的壁画在“文革”中被毁，现有的壁画是改革开放后重新绘制的。八思巴殿中最重要的宝物就是一尊鎏金绿度母，是萨迦寺奇宝之一。
八思巴大殿的北侧是怙法殿，怙法殿供奉着用于萨迦冬季法会的各种怙法，如吉祥天母、障面、四面怙主、野牦牛怙主等。每逢藏历十一月，这些怙法将在冬季大黑天法会上参与神舞表演。藏历七月，这些怙法也会被迎请到普巴金刚殿供奉。
进入萨迦寺第二层的通道位于大殿门廊的南侧，沿通道的42级台阶而上，即可到达二层的回廊。若从一层中心天井东侧的大门进入，即可抵达二层的平措宫殿。
1265年八思巴回萨迦时，建立了一个“喇让”，专门管理他的私人财物和有关事宜。“喇让”原指宗教领袖的公馆，后演变为宗教领袖办理政教事务的机构。传至14世纪，昆氏家族分为４个“喇让”：细脱喇让、拉康喇让、仁钦岗喇让和都却喇让。“喇让”以父子相承，而萨迦法王则由这４个“喇让”轮流继任。至15世纪时，萨迦四大喇让中有三个绝嗣，仅存都却喇让的两兄弟，分别建立平措颇章和卓玛颇章。萨迦法王则由这两房中的长子轮流担任。平措宫殿四壁绘制着长寿三尊佛，殿内供奉着数代萨迦法王的灵塔和装有法王圣物的佛像。
平措宫殿的对面就是古老的藏书室。这里珍藏着大量佛经和历代祖师的著作，这些图书大多是手抄本，已有600-700年的历史。这里的每册书都有明确的编号，书架西侧的图书有道果法教义，东侧有萨迦五祖和萨迦法脉传承的传记等。
藏书室西侧就是萨迦文物室。文物室里藏有被称为稀世之宝的梵文贝叶佛经8部，主要为《八千颂般若波罗蜜多经》，形制均为长方形，最大的长约61厘米、宽6厘米；最小的长19.3厘米、宽5.5厘米。护经板上均刻有精美的浅浮雕植物纹样和色彩明丽、造型传神的诸佛、菩萨、护法神形象。
回廊殿位于二楼平台西侧和南侧的回廊上。在回廊的墙壁上绘有大小坛城壁画共63铺，其中大坛城20铺，位于壁画中心，均为巨制宏幅，直径最大的约有2.7米左右，而小坛城则纤小精致，直径大约只有0.6米左右，分别位于大坛城的四个角上。为防止壁画漫漶和强光照射，坛城墙已经被文物部门用木板封闭。
萨迦寺主体建筑第三层为千佛墙。所谓千佛墙就是沿大殿屋顶一周的墙壁上绘有上千尊佛像。这些壁画历经岁月和风雨的侵蚀，大多已经漫漶。在最近几年政府大规模维修萨迦寺时，千佛墙上的很多壁画被重新涂彩，焕然一新的千佛墙虽然光鲜夺目，但还是缺少了萨迦特有的那份古韵。
