沙沟镇历史悠久，古时归盐城管辖。早在公元前206年，汉刘邦封关，刘邦为感念项伯当年在鸿门宴时的解救之恩，赐刘姓，并封为射阳侯，死后葬此，所有当时有射阳村之说。后来兵荒马乱，来沙沟避兵的人越来越多，人们觉得这里太平，纷纷在此定居，小村子便成了小镇子。由于当时镇子周围和镇中都是河沟小溪，故名曰沙溪镇。
明朝正德九年，沙沟出了个进士，姓万名云鹏。据《盐城县志》记载：“万云鹏，正德时人，守湖州，副湖广，按察浙江，布政福建。既归里，闭门著书，风节骄然，人谓：布政凛凛，若天山之雪。”由于他一生为官清正，洁白无遐，受到了故乡人民的尊敬和爱戴。他死后，为了纪念他便将沙溪镇改为石梁镇了。
到了明末清初，因为石梁是明朝的官员，用他的名字做地名显然是不能容忍的。所以清朝地方政府根据镇子沟河纵横的特点，将石梁镇改为沙沟镇了。
沙沟镇从清朝开始一直设有巡检司，负责周边地区的治安维护。民国出版的《盐城县志》还载有民国8年，沙沟建市之说。1945年春节后，沙沟第一次解放，同年3月9日，沙沟建市，隶属于苏中行政公署。1946年7月，苏中二地委改沙沟为县。后沙沟撤县划归宝应，1947年又划归高邮市。1949年5月沙沟正式划归兴化管辖。
古镇留存下的不少古宅、巷道、石桥和店铺，虽历经千年岁月洗礼，朴素依旧而极富历史神韵。走在古镇的街巷上，老行当店铺鳞次栉比，沙沟市政府旧址、苏中公学旧址、益民巷古民居群、鱼市口石板街，见证了古镇的繁荣与变迁，让人有一种穿越感。
益民巷古民居，青砖黛瓦，太平马头墙，雕花门窗，厚重的院门，小巧的天井，无不显示出古镇沙沟深厚的历史文化底蕴。益民巷狭而长，加之两边楼房林立，显得幽深古朴，凸显出清代江淮水乡民居建筑风格。至今仍保持原有风貌实属罕见。
如今，这里虽没了当年商业的喧嚣，却留下了独具水乡地域特色的沙沟段式“板凳龙”、堪称“华夏一绝”的沙沟传统彩妆游走灯会，以及享誉大江南北的沙沟鱼圆、藕夹子、酥皮春卷、小麻饼等名菜名点。
生活在古镇里的人似乎不想被外界的现代生活节奏提速，维持着属于他们自己的那份清静和安详。衰败的阁楼，斑驳的墙体，总让人觉得这种生活难以为继。这里的理发店、杂货铺、打铁铺、酱园铺，虽原汁原味，却已不仅仅只是店面这么简单了，它折射出的是古镇人的一种习惯、一种情怀。徜徉在古镇的街巷，这里的一砖一瓦、一树一木仿佛都在向我们诉说着古镇的光阴故事。
